博物館共分四層，一層是海洋圖書館，擁有2萬多冊海洋類圖書，並設有多媒體體驗空間。二至四層是有關海洋的展示館和影像館。展示館由航海船舶、海洋歷史人物、海洋文化、海洋產業、海洋科學、海洋領土、海洋生物、海洋體驗和兒童博物館9個常設展示館和1個企劃展示館組成。
